教科指導は手厚く、きめ細かく行っています。6年間の山手学院での生活を修了したとき、その先の世界で通用するために必要な総合力と個性を養い、未来に羽ばたけるように準備をします。
中学高校の6年間を3期（前期：中1中2、中期：中3高1、後期：高2高3）に分け、週34時間に縛られず、基礎学力の要となる科目に充分な時間をかけ、確かな学力を育てます。

前期：
漢字コンテストなどを通して基礎学力を、授業を通して考える習慣を育成します。 英語に関してはEnglish（山手学院独自教材）でコミュニケーションスキルなど、より豊かな能力を育てる教育を実践しています。

中期：
中3時に選抜クラス（2クラス）を設置し、ある程度発展的な学習にまで取り組みます。またクラスの人数を少なくすることで、すべての生徒の学力向上を目指します。

後期：
選抜クラスは難関国公立大を目指し、一般クラスは文系・理系の2コースに分け、効率よく指導します。選択授業も充実させています。